Niet alle bedrijven voldeden echter aan de gestelde eisen. De inspecteurs constateerden tijdens hun bedrijfsbezoeken in totaal 411 ernstige afwijkingen (in 2011 waren dit er 575).
Bij 215 landbouwbedrijven was er sprake van één of meer ernstige afwijkingen (302 in 2011). In totaal kenden 148 levensmiddelenfabrikanten, importeurs, handels- en opslagbedrijven ernstige afwijkingen (215 in 2011).
In 2012 werd bij 10% van de inspecties een ernstige afwijking gevonden. Dit komt overeen met 12% van de bedrijven. De daling van het totaal aantal ernstige afwijkingen ten opzichte van 2011 is deels te verklaren door het feit dat er minder inspecties hebben plaatsgevonden. Daarnaast zijn er in 2012 lichtere afwijkingen geschreven dan in voorgaande jaren, dit is een gevolg van de veranderde vragenlijst van de inspecteurs bereiding die meer gericht is op relevantie. Ook voeren de inspecteurs 'gezond verstand-gesprekken' met ondernemers om ernstige en fatale afwijkingen te voorkomen. Deze gesprekken die gevoerd worden met de betrokken ondernemers zijn gericht op naleving.
Zowel bij landbouw- als overige bedrijven nam herhaling van overtredingen (recidive) af.
Dit is de top drie van meest voorkomende ernstige afwijkingen uit 2012 voor landbouwbedrijven:
- Bemesting: mestafvoer
- Administratie: procedure ingangscontrole
- Bodem en gewas: vooral afwijkingen rondom het gebruikte uitgangsmateriaal.
Dit is de top drie van meest voorkomende ernstige afwijkingen uit 2012 voor vervaardigers en handelaren van biologische producten:
- Ontvangstcontrole: procedure voldoet niet of wordt niet goed uitgevoerd
- Certificering van leveranciers en producten: kopieën van geldige certificaten van alle leveranciers ontbreken
- Aanduiding en op etiketten en begeleidende documenten voldoen niet aan de regels.
In 2012 is één bedrijf gedecertificeerd wegens het niet meewerken aan de inspectie. Bij zeven andere bedrijven was de afwijking zo ernstig dat het certificaat deels ingetrokken is. Bij deze bedrijven heeft Skal dertien afwijkingen geconstateerd. Daarnaast zijn in 2012 zes partijen van bio-producten afgekeurd.